Theo đó, Thông tư này quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ để hoàn vốn các dự án đầu tư xây dựng đường bộ để kinh doanh. Đối với các dự án đầu tư khác thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính (đối với đường quốc lộ) hoặc Hội đồng nhân dân cấp tỉnh (đối với đường địa phương).

Đối tượng chịu phí sử dụng đường bộ bao gồm: Phương tiện giao thông cơ giới đường bộ và xe máy chuyên dùng tham gia giao thông đường bộ.

Các trường hợp được miễn phí gồm: Xe cứu thương, bao gồm cả các loại xe khác chở người bị tai nạn đến nơi cấp cứu; Xe cứu hoả; Xe máy nông nghiệp, lâm nghiệp gồm: Máy cày, máy bừa, máy xới, máy làm cỏ, máy tuốt lúa; Xe hộ đê, xe làm nhiệm vụ khẩn cấp về chống lụt bão; Xe chuyên dùng phục vụ quốc phòng, an ninh gồm: xe tăng, xe bọc thép, xe kéo pháo, xe chở lực lượng vũ trang đang hành quân; Đoàn xe đưa tang; Đoàn xe có xe hộ tống, dẫn đường; Xe ô tô của lực lượng công an, quốc phòng sử dụng vé “Phí đường bộ toàn quốc” theo quy định.

Bên cạnh đó, miễn phí sử dụng cầu, đường bộ quốc lộ đối với xe mô tô hai bánh, xe mô tô ba bánh, xe hai bánh gắn máy, xe ba bánh gắn máy; Xe làm nhiệm vụ vận chuyển thuốc men, máy móc, thiết bị, vật tư, hàng hoá đến những nơi bị thảm hoạ hoặc đến vùng có dịch bệnh theo quy định của pháp luật về tình trạng khẩn cấp khi có thảm họa lớn, dịch bệnh nguy hiểm.

Thông tư quy định mức thu phí như sau: Xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn; các loại xe buýt vận tải khách công cộng chịu mức thu phí từ 15.000 - 52.000 đồng/vé/lượt; Xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi; xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn chịu mức thu phí từ 20.000 – 70.000 đồng/vé/lượt.

Xe từ 31 ghế ngồi trở lên; xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn chịu mức thu phí từ 25.000 - 87.000 đồng/vélượt; Xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn; xe chở hàng bằng container 20 fit chịu mức thu phí từ 40.000 - 140.000 đồng/vé/lượt.

Xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên; xe chở hàng bằng container 40 fit chịu mức thu phí từ 80.000 – 200.000 đồng đồng/vé/lượt.

Thông tư cũng quy định rõ lộ trình áp dụng, năm 2014 áp dụng mức thu tối đa không quá 2,5 lần mức thu tối thiểu khung (riêng mức thu xe nhóm 5 tối đa không quá 2 lần mức thu tối thiểu khung).

Năm 2015 áp dụng mức thu tối đa không quá 3 lần mức thu tối thiểu khung (riêng mức thu xe nhóm 5 tối đa không quá 180.000 đồng/vé lượt).

Từ năm 2016 trở đi mức thu thực hiện theo khung mức thu nêu trên.